Bernardo nasceu em 1090, em Fontaines, perto de Dijon, de uma família da alta nobreza burgundia. Era filho de Tescelin, senhor de Fontaines, e sua mãe foi Aleth de Montbard, dama reconhecidamente virtuosa e pia. Ele foi o terceiro de sete irmãos, e essa irmandade era constituída quase que exclusivamente por garotos. Havia uma única menina, Humbéline, que mais tarde foi convencida por Bernardo a tornar-se monja.

Desde o início seus pais o criaram forma excepcionalmente cuidadosa, pois, segundo a Tradição, quando do seu nascimento, um "santo homem" da região havia predito que aquela criança teria um "destino grandioso". Lenda? É difícil de se avaliar...
Seja como for, Bernardo, aos nove anos foi enviado a uma escola de renome, em Chatillon-sur-Seine, que adotava os cânones seculares de Saint-Vorles.

Na escola ele tomou gosto pela literatura e dedicou-se, durante algum tempo, à poesia. Seu sucesso nos estudos causou a admiração de seus mestres, e isso, naturalmente, resultou numa dose extra de estímulo, embora sua virtude e devoção não fossem menos marcantes. Bernardo aspirava a excelência em literatura para melhor estudar as Escrituras Sagradas. Estas, em breve fariam parte dele como uma "segunda natureza", pois ele afirmava com convicção: "As coisas de Deus me dizem respeito".

Quando sua mãe morreu, ele contava 19 anos, e parece que nessa altura enfrentou severos conflitos espirituais. Venceram a devoção e a virtude e, finda esta etapa, ele retirou-se do mundo para uma vida de prece e recolhimento.